השימוש בצמחי המרפא הוא מגוון ורחב, משתמשים בסוגים שונים של צמחים ובחלקים השונים של הצמח: שורש, קליפת גזע, גבעולים, עלים, פרחים, פירות, עשבים, זרעים ופטריות.

לכל סוג צמח  חומרים פעילים ותכונות מרפא המשפיעות על הגוף בדרכים שונות. לכל חלק בצמח איכות השפעה העובדת באופן קצת שונה, לדוגמא; הפרחים עובדים יותר על הרובד הרגשי של האדם, השורשים על חיזוק הגוף .. וכן הלאה. כל צמח הוא עולם ומלואו, כאמור ההשפעה של הצמח היא הרבה מעבר לרק השפעה פיזית,  היא יכולה להשפיע על הרובד הרגשי והמנטלי של האדם, וגם על הרבדים האנרגטיים והרוחניים שלו ,  כך שלמרות שיש מחקרים רבים בנושאי הצמחים, השפעותיהם והחומרים הפעילים שבהם מבחינה פיסית וביולוגית,, הרבה פעמים המדע עוד לא מסוגל להבין את עומק ההשפעה האמתית של הצמחים.

​צמחי המרפא עושים עבודה מעמיקה על האיברים ומערכות הגוף ובדרך כלל משפיעים לא רק על סימפטום אחד אלא עובדים על גורמי חוסר האיזון שבגוף, ריפוי ושיקום החולי, על תהליכים ומצבים שונים הקשורים זה לזה בגוף.

​דרך אחת לשימוש בצמחי מרפא היא לשלב מספר צמחים למען מטרת ריפוי ממוקדת ודרך נוספת היא להתאים לאדם שילוב של  צמחים העובדים על מספר בעיות שהאדם רוצה לטפל בהם.  צמחי מרפא משתלבים זה עם זה, שילוב נכון יכול להגביר את עוצמת הריפוי וליצור הרכב חדש ומיוחד- כך שהשלם גדול מסך חלקיו.